Своим формированием остров Санторин обязан передвижениям тектонических плит в процессе сейсмической активности в данной местности. Так остров был образован в третичную эру, тогда в геологическом строении планеты происходили глобальные перестроения, которые привели к тому, чтобы на несколько частей был разделен целый эгейский континент. После происходило еще множество извержений местных вулканов, которые обеспечили острову округлую форму, собственно от сюда и название архипелага Strongyli, что переводится как «круглый». На заре 2-ого тысячелетия до нашей эры на острове возникла уникальная цивилизация, которая по многим признакам была аналогична минойской цивилизации на Крите. В 1500 годах до н.э. вулкан был настолько активен, что уничтожил всю центральную часть острова, тем самым навсегда потопил в водах океана здешнюю цивилизацию. В то же извержение было спровоцировано ужасное цунами, его огромные волны уничтожили огромное число городов на Крите.
Сегодня же Санторин называют крупнейшим на планете активным морским вулканом. С регулярной периодичностью в течение долгих тысячелетий своего существования этот вулкан постоянно атаковал своей активностью как сушу, так и море. Потому сегодня мы можем наблюдать архипелаг Санторин в виде полумесяца, который является лишь небольшой части когда-то существовавшего целого острова круглой формы и конического типа, на котором в самом центре находился собственно сам вулкан.
Вулкан огромное количество раз извергался за всю свою историю. Наиболее активная его деятельность была внесена в анналы истории и датируется III и II веками до н.э. так в 236 году до н.э. случилось извержение, которое разделило Тирассию с северо-западной оконечностью Тиры, а в 196 году до н.э был сформирован остров Старая Каммени. Страшное извержение случилось в 1452 году нашей эры, когда под воду ушла половина Палиа Каммени. А южная часть Санторина была погружена под воду спустя 122 года после предыдущего ужасного извержения. А через три года возник остров Малая Каммени. Вообще, этот вулкан всегда вел себя очень неспокойно, постоянно напоминая людям, что живут они буквально на пороховой бочке. Так в 1700 году случилось очередное катастрофичное извержение его, в процессе которого в атмосферу выделялись ядовитые газы, погибло несколько тысяч людей.