Минойское извержение уничтожило поселение в Акротири, расположенное рядом с Санторини, погребя его в слое пемзы и пепла. Считается, что именно это извержение вулкана Санторин повлияло на природу и Минойскую цивилизацию на Крите, хотя степень воздействия до сих пор является спорным вопросом среди ученых.

Более ранние теории предполагали, что выброс вулканического пепла с Тиры привел к гибели растений на восточной половине Крита, что привело к голоду среди людей. Однако после более полных исследований и полевых экспертиз, эта теория была опровергнута, поскольку было доказано, что не более чем 5 мм пеплы выпало на Крите. Другие теории, основанные на археологических исследованиях древних поселений Крита, указывают, что цунами, вероятно, связанное с извержением Санторина, оказало разрушительное воздействие на прибрежные зоны Крита, и, возможно, разрушило поселения Минойской цивилизации в прибрежных зонах Крита. Самые последние исследования показывают, что последней точкой в разрушение поселений Минойской цивилизации было землетрясение, которое предшествовало извержению вулкана.

Однако существенные поселения минойцев на острове, существование жизни в которых датируется после Минойского извержения, дают возможность предположить, что извержение Тиры не уничтожило полностью Минойскую цивилизацию, но ускорило ее исчезновение. Поскольку минойцы были морским народом и зависели от военно-морских и торговых кораблей для добычи себе средств к существованию, извержение Тиры, вероятно, привело к существенному экономическому кризису, и, в конечном счете, привело к исчезновению Минойской империи.

До сих пор ученые не могут прийти к единому мнению относительно того, было ли извержение вулкана Санторини настолько мощным, что привело к уничтожению Минойской цивилизации или нет. Микенское завоевание минойцев произошло в последний Минойский период, спустя многие годы после извержения.