Разрушительное извержение великого вулкана Санторин, как самое значительное и известное событие в Эгейском море, случилось перед падением Трои. Скорее всего, извержение вызвало сильные климатические изменения на восточном побережье этих территорий. Это, надо сказать, было одно из мощнейших вулканических извержений на планете за последние тысячи лет. В 1650-ом до н.э., когда вулкан неожиданно пробудился, он, как говорили очевидцы и как подтверждают археолог, вызвал огромные приливные волны, высота которых достигала более двухсот метров. Эти волны дошли до северного побережья о. Крит, круша все на своем пути. Случились множественные землетрясения, а пепел с различными вулканическими выбросами просто закрыли небо. После этого некогда правившая морями Минойская цивилизация исчезла с лица земли.После извержения от Санторини остался лишь подковообразный остров, который есть и по сей день. Остров был покрыт вулканическим пеплом толщиной в 30-40 метров. Извержений еще было много, например, в третьем столетии до н.э., в то время когда от Санторини отделился о. Тирасия, во втором веке, когда в заливе появился Палеа Камени (вулканический островок). В результате извержения 1707 года образовался остров Неа Камени. Даже сегодня здесь довольно часто ощущаются умеренные колебания, но в 1950-ом случилось сильное землетрясение, которое сильно «трясонуло» города Ия и Фира, и многие здания и сооружения вдоль утесов были значительно разрушены.

Новейшие открытия археологов всего мира доказывают, что извержение, случившееся на Санторини, было намного мощнее, чем думали ранее. Выбросы скальных пород и магмы составили 61 км 3, в противоположность предыдущим данным ,которые говорили о 39 км 3. В настоящее время все еще можно увидеть свидетельства тех далеких дней. К ландшафту во многих местах добавились оригинальные архитектурные лабиринты, которые прилепились к скалам утесов.