Ученые доподлинно знают о том, что около 25 тысяч лет тому назад с вулканом Санторин был связан весьма значительный природный катаклизм. Кроме того, было здесь и большое количество не столь масштабных природных волнений, которые с регулярной периодичностью в течение последних трех тысяч лет беспокоили людей, живущих в этих краях. К примеру, в 197 году до нашей эры, этот вулкан не на шутку напугал греков, после того извержения был сформирован новый остров, который назвали Палеа-Каймени. Уже в нашу эру, в 726 году произошло очередное волнение, после которого этот остров весьма вырос в своих масштабах. 700 лет спустя в 1457 году некоторая его часть была уничтожена очередным вулканическим волнением. В 1573 году появился еще один остров, ему дали имя Микро-Каймени.После небольшого извержения 1650 года сформировалась морская отмель Колумба. А в 1707 году Санторин так разошелся, что не унимался на протяжении пяти лет, породив в результате этого извержения новый остров Неа-Каймени. Который сегодня является наиболее крупным из внутренних островов вулканической островной группы.

Особо бурная деятельность Санторина была отмечена в январе 1886 года. Тогда 26-го января из казалось бы безобидного кратера вулкана Неа-Каймени начали сыпаться на землю камни, через 4 дня их количество значительно выросло. Островитяне тогда начали отмечать, что в бухте морская вода стала значительно более теплая, чем раньше. Более того, от воды начали вздыматься облака теплого пара, а вокруг чувствовался ощутимый серный запах. 31 января пар уже со свистом вырывался из водной глади, можно было отчетливо расслышать ненавязчивый гул где-то под землей. По земле начали расползаться трещины, после такие трещины поползли по глиняным домам крестьян в близлежащих деревнях.

Апогея извержение подводного вулкана достигло 20 февраля. На острове Георгиос произошел страшный по мощности взрыв. Пепловые и паровые столбы вырвались наружу одним мощным толчком, поднявшись не несколько сотен метров в небо, из моря начали вылетать лавовые куски, раскаленные дотла, высота их выброса достигала 500 метров. Извержения не прекращались весь год.